Se dice que el origen del IAI proviene de los períodos Nara (años 710-784 d.c.) Y Heian (años 794-1160 d.c.), surgiendo indudablemente por las necesidades impuestas en el campo de batalla, pero no fue hasta el siglo XV aproximadamente que se desarrolló.
Hayashizaki Jinsuke Shigenobu (1546-1621) es popularmente considerado el creador del arte de desenvainar el sable, sin embargo, es un hecho histórico que en la segunda mitad del siglo XV Izasa Choisai Ienao (1387-1488), fundador de Tenshin Shoden Katori Shinto Ryu, ya había desarrollado un característico arte de Iaijutsu, al igual que los guerreros de las escuelas Tatsumi Ryu y Takenouchi Ryu, ambas fundadas en la primera mitad del siglo XIV.
De todos modos la influencia de Jinsuke en las subsiguientes generaciones de espadachines fue indudablemente enorme: más de 200 ryu dedicadas al IAI se fundaron a partir de su inspiración. No son conocidos sus primeros estudios marciales, pero si se sabe que alrededor de los 25 años mientras meditaba en el templo de Hayashizaki, recibió la inspiración divina de crear su propio arte de desenvainar el sable.
Jinsuke bautizó a su arte Shimmei Muso Ryu Batto Jutsu, nombre que sus seguidores cambiaron por Shin Muso Hayashizaki Ryu. Es muy posible que la orientación técnica que le dio Jinsuke a su arte pusiera énfasis en la aplicación defensiva, no combativa, haciendo de la esgrima un vehículo de desarrollo espiritual. Después de su muerte prosiguió la evolución de su arte -ver árbol genealógico- y cada Maestro que lo sucedió hizo sus aportes: el segundo Maestro fundó la Tamiya Ryu, el tercero la Muraku Ryu.
El séptimo Maestro del linaje fue Hasegawa Chikaranosuke Eishin (Hidenobu), quien aprendió IAI con el sexto Maestro en Edo en los primeros años del siglo XVIII.
Se cree que su habilidad con el sable era igual que la de Jinsuke y al igual que él dejó una marca profunda en el arte del IAI.
Refinó el arte agregándole técnicas adicionales y cambió su nombre por Muso Jikiden Eishin Ryu, que significa “transmisión directa y sin igual de la escuela eishin”.
En 1675, Hayashi Rokudayu Morimasa, el noveno Maestro, llevó el arte a Tosa (hoy prefectura de Kochi) estando al servicio del “Señor de Tosa”. El arte floreció allí y fue protegido por la provincia y se lo consideró como una forma de arte a ser preservado.
A partir del 11º maestro la escuela se divide en dos grandes ramas: Shimomura Ha, considerada por algunas autoridades la base de lo que sería mas tarde el estilo Muso Shinden Ryu, y Tanimura Ha la continuación de Muso Jikiden Eishin Ryu.
El primero de los maestros en promover la escuela fuera de la provincia de Tosa fue Oe Masamichi Sanetaka, él se preocupó por el decaimiento del arte en Tosa y por ello buscó extenderlo a lo largo de Japón. Cada uno de los sucesores del Maestro Oe Masamichi Sanetaka ha contribuido con su parte para la continua expansión de la escuela en Japón.
A partir de este maestro la rama Tanimura se divide en tres subramas: Hokiyama Ha, Masaoka Ha y Yamauchi Ha es de esta última que desciende el estilo Muso Jikiden Eishin Ryu Iaijutsu Komei Jyuku.
El 18º Maestro, Yamauchi Toyotake (un descendiente del Señor de Tosa) publicó un trabajo llamado “La Teoría Detallada de Iai” y el 19º Maestro Kono Kanemitsu que fundó el Meibukan En Toshima Ku (Tokio), descendiendo desde allí hasta el actual 21º Maestro, Sekiguchi Takaaki (Komei), quien se ha abocado a la difusión de las antiguas artes y costumbres también fuera de Japón.
En la era Meiji (1867-1912) debido a los profundos cambios políticos y sociales que se desencadenaron, entre ellos la ley que prohibía la portación de katanas, el Iaijutsu comenzó a declinar por ser visto como algo anacrónico.
Inmerso en este turbulento período el 16º maestro de la rama Shimomura, Nakayama Hakudo (1869-1958) fue quien trabajó arduamente para revivir el arte del IAI.
Considerado el padre del iaido moderno, estudió distintos estilos como Omori Ryu, Muraku Ryu y Muso Jikiden Eishin Ryu, con los Maestros Hosokawa (Gisho) Yoshimasa y Morimoto, entre otros. A través de grandes esfuerzos y una gran dedicación Hakudo, desarrolla su propio estilo al que llamó Muso Shinden Ryu Batto Jutsu (1932).
Después de la derrota japonesa en la segunda guerra mundial y ya levantada la prohibición de practicar Artes Marciales aplicada por las fuerzas aliadas, muchas formas de Iaijutsu fueron transformadas en Iaido, disciplina que fue agregada a la Federación Japonesa De Kendo que completó la evolución del seitei Iaido (ZNKR)